Service juridique
- Relève du président-directeur général. Prend en charge les enjeux juridiques de la FMOQ. Fournit les services juridiques que requièrent les diverses directions et les associations affiliées.
Service des communications
- Gère les moyens de communication de la FMOQ (Infolettre, site internet, revue Le Médecin du Québec, réseaux sociaux, avis aux membres et relations de presse).
Service des finances et des ressources humaines
- Exécute la comptabilité de la Fédération et coordonne les ressources humaines.
Service des systèmes d'information numérique et de cybersécurité
- Gère l’infrastructure réseau et l’aspect informatique de la Fédération.
Service de la gestion des documents et des archives
- Élabore et applique les procédures de conservation des documents de la FMOQ.